Des inventaires du classement originel subsistent, rédigés en 1525, à la fin du XVIIe siècle et en 1762.
Les titres de fondation eux-mêmes ont été perdus mais l'on conserve de nombreux faux établis au XIVe s., datant soi-disant de 399, 1001, 1085. Ces faux qui ont fait ultérieurement l'objet d'abondantes contestations. Les plus anciens originaux authentiques datent du XIVe siècle ; il s'agit notamment de donations de Jean IV, duc de Bretagne.
Les privilèges, dont bien des originaux ont été perdus très tôt, ont été renouvelés aux XVIe, XVIIe et XVIIIe siècles, droit d'usage dans la forêt de Rhuys, de même que les droits de haute et moyenne justice dont jouissait l'abbaye.
Le temporel est longtemps resté indivis entre l'abbé et les religieux, occasion de conflits et procès entre les deux parties : les archives conservent des dossiers de transaction et de partage depuis 1599 jusqu'en 1765, date du dernier partage avec M. de Villeneuve de Trans, dernier abbé commendataire. En 1772, la mense abbatiale a été unie à l'évêché de Vannes.
La liste des biens du monastère n'a guère varié au cours des siècles. L'essentiel se situe dans la presqu'île de Rhuys autour des bourgs de Saint-Gildas et de Sarzeau. L'abbaye posséde en outre les îles de Brannec, de Govihan, de Tascon, d'Houat, d'Hoëdic et des Glénan. Le fonds conserve des aveux et déclarations rendus au roi depuis 1584, quelques rentiers [fragments pour le XVIe siècle, 1650-1665, 1674, 1765, 1787], et en abondance des déclarations de tenues et baux à domaine congéable pour les terres citées plus haut (XVIe-XVIIe s. surtout). À noter dans la seconde moitié du XVIe siècle, d'assez nombreuses aliénations pour permettre aux religieux d'échapper à la ruine.
Tous ces documents apportent de précieuses indications sur les efforts tentés par les religieux avec plus ou moins de succès pour peupler, défricher, assécher, mettre en culture et introduire des bestiaux dans leurs terres : ainsi à Houat et Hoëdic, aux Glénan, ou encore à Saint-Armel où ils ont converti les marais de La Villeneuve en de nouvelles salines (1710-1715).
Si les archives de l'abbaye ne conservent pratiquement pas de registres de comptes - deux journaux de recettes et dépenses pour 1789-1790 -, on y trouve quelques dossiers relatifs aux bâtiments et à leurs reconstructions successives, travaux réalisés à grand renfort de « corvées » et « charrois » par les tenanciers : procès-verbaux pour les réparations (1598-1599, 1625-1626, 1678), marchés pour la réfection de la charpente (1665), marché pour la reconstruction de la nef et la tour de l'abbaye (1699), procès-verbaux et quittances pour la reconstruction de la maison abbatiale (1742-1746).
De copieuses procédures viennent encore enrichir ce fonds parmi lesquelles on peut signaler les procédures engagées pour rentrer en possession des îles de Houat et Hoëdic un moment échangées avec le surintendant Fouquet (1660-1665), les dossiers relatifs à l'union du prieuré du Hézo au séminaire de Vannes (1680-XVIIIe s.), les articles concernant les dîmes de Sarzeau (1695), et enfin l'interminable procès opposant les religieux de Saint-Gildas à leur abbé M. de Villeneuve de Trans (1725-1765).
Les six offices claustraux de l'abbaye - prieuré, chambrerie, cellerie, ouvrerie, aumônerie, infirmerie - sont représentés par plusieurs articles concernant les privilèges, les biens et les bâtiments : rôles rentiers, aveux, déclarations de tenues, baux à domaine congéable, dîmes, procès-verbaux de réparations (XVIe-XVIIIe s.).
Enfin, si les dossiers relatifs aux quelques vingt prieurés dépendant de l'abbaye ont été extraits du fonds principal, ce dernier renferme encore de nombreux documents sur le prieuré de Gâvre : titres (1629-1765), rentiers (XVIe-XVIIIe s.), déclarations de tenues (XVIe s.), procédures (XVIe s.) ; sur celui de l'île d'Arz : déclarations de tenues (XVIe s.) ; sur celui de Quiberon : prise de possession (1638) et états du revenu (1673, 1681, 1744) ; sur celui de Bourgerel : titres et procédures depuis 1560, état du revenu (1681-1744), rentier (1670), réparations (1673) ; sur celui du Hézo : déclarations de tenues (XVIe s.), procédures (XVIIe-XVIIIe s.) ; et sur celui de Saint-Guen à Vannes : procédures (XVe-XVIe s.).