Sous le consulat et l'Empire, les institutions judiciaires chargées des affaires criminelles sont le tribunal criminel puis la cour de justice criminelle conservés en 2 U 1 auxquelles s'ajoutent les tribunaux spéciaux.
Tribunal criminel de l'an IX (an IX-1804) puis cour criminelle spéciale (1804-1811)
La loi du 18 pluviôse an IX stipule que des tribunaux spéciaux seront établis dans les départements "où le gouvernement le jugera nécessaire". La liste de ces départements est ensuite fixée par arrêté du 4 ventôse an IX, dans laquelle on trouve en premier les 4 départements bretons puis 23 autres départements.
Ce tribunal est créé pour lutter contre la chouannerie sous le vocable "brigandage". Il juge les crimes commis par les vagabonds, les condamnés évadés et les voleurs à main armée.
Sa compétence est modifiée en l'an X avec la création du tribunal spécial de l'an X.
Le tribunal est composé d'un président, de deux juges du tribunal criminel, de trois militaires et de deux citoyens nommés par l'empereur. Le tribunal ne peut juger qu'en nombre pair.
Le senatus-consulte du 28 floréal an XII modifie la dénomination du tribunal criminel spécial en cour de justice criminelle spéciale.
Tribunal criminel de l'an X (an X-1811)
La loi du 23 floréal an X crée des tribunaux spéciaux qui ont la charge de juger les récidivistes et les crimes de contrefaçon des effets publics, des faux en écriture publique ou privée.
Ce tribunal est composé de trois juges du tribunal criminel et trois hommes de loi désignés par le consul.
Cour prévôtale (1816-1818)
La loi du 20 décembre 1815 rétablit la cour prévôtale dans chaque département au lieu où siège la cour d'assises.
Elle juge les rébellions armées et menaces à l'encontre du Roi et de la famille royale, mais aussi les crimes des vagabonds, le faux monnayage, les assassinats par groupe armés et les actes de violence commis par des militaires.
Cette cour est composée d'un président, de quatre magistrats du tribunal de première instance et d'un prévôt militaire ayant le grade minimum de colonel.
Commissions militaires spéciales
La justice militaire est représentée par les conseils de guerre dont les jugements sont adressés au Préfet (série R) qui adresse des listes au procureur (sous série 3 U).
Pendant le consulat et l'Empire des commissions militaires ont été créées pour juger des déserteurs, espions et embaucheurs. Les commissions morbihannaises ont essentiellement jugé des chouans.