Le fonds s'organise autour de deux axes principaux :
- L'organisation du service.
- L'activité du service.
Les principaux dossiers concernant l'organisation du service sont de la correspondance, des comptes rendus de réunions et de conférences.
Les dossiers relatifs à l'activité du service s'articulent autour des principales missions du CROSS.
Plusieurs documents recouvrent l'ensemble de l'activité du centre :
- journal de bord, est également appelé journal de quart. Il contient tous les éléments de la vie organique du centre (relève éventuelle de l'officier de permanence, prise de fonction des renforts, heure des relèves et composition de quart, avarie du matériel, procès-verbaux d'accidents, visites de personnes extérieures au centre) ;
- cahier HF (high frequency) : il contient l'intégralité des communications échangées sur le réseau radio utilisé pour la zone du large ;
- cahier VHF(very high frequency) :il contient l'intégralité des communications échangées sur le réseau radio utilisé pour la zone côtière.
Les opérations de recherche et de sauvetage sont décrites et analysées dans des fiches d'intervention, comptes rendus polyvalents et d'opération, dossiers des affaires opérationnelles, fiches opérationnelles. Ces documents peuvent comporter de la correspondance et des articles de presse.
Les affaires de sauvetage médiatiques font l'objet d'un dossier spécifique.
La surveillance de la navigation maritime est composée de plusieurs types de documents :
- rapports de patrouille, programmes d'activité et de missions des vedettes de surveillance ;
- fiches de circulation (ces fiches sont des bulletins d'émission qui décrivent les trajets, les éventuels remorquages et mouillages des navires) ;
- documents concernant la navigation de plaisance et scientifique.
Ce fonds comprend également les dossiers décrivant l'organisation et le déroulement des courses au large.
Les dossiers concernant la lutte contre les pollutions marines sont constitués essentiellement de :
- comptes rendus des missions aériennes SURPOLMER ;
- procès-verbaux ;
- fiches pollutions . Ces fiches rendent compte des actes de pollution en signalant la position, la nature et l'auteur de l'infraction.
Les documents relevant de la surveillance et police de la pêche se composent de :
- statistiques surpêche ( elles énumèrent les déroutements, les incidents et les missions survenus dans la zone VIII CIEM, c'est à dire dans la zone du Golfe de Gascogne) ;
- comptes rendus de missions de surveillance et de contrôle ;
- procès-verbaux de contravention ;
- photographies de reconnaissance et d'identification de navires (ces photographies ont fait l'objet d'un échantillonnage) ;
- dossiers relatifs aux différents incidents de pêche.